Also bei einem innerdeutschen Flug mit der Lufthansa ging es bei mir Ende Juli auch mit einer anderen Kreditkarte. Ich hatte per Bankeinzug bestellt und anscheinend sind auf der ServiceCard (keine echte EC) meiner Bank meine persönlichen Daten nicht gespeichert. Jedenfalls kam beim Quick-Check-In eine Fehlermeldung. Ich hab es dann einfach mit einer Kreditkarte einer anderen Bank versucht, und siehe da, es klappte.
Aber wie du bereits feststelltest gehts mit dem Perso am normalen Check-In auch. Nur falls dir es da zu voll sein solltest, versuchs doch einfach mal am Automaten. Mehr als ne Fehlermeldung kann ja nicht kommen.
Teilweise gibts auch Automaten wo man seinen Perso einscannen kann zwecks Identifizierung. Info hierzu gibts sicherlich auf der Homepage der jeweiligen Airline.